Home ЛАБОРАТОРИЯ БИОМЕДИЦИНСКИХ ИССЛЕДОВАНИЙ


[Руководитель Лаборатории] [Состав Лаборатории] [Области интересов] [Основные достижения ] [Уникальные/редкие методы исследования] [Межинститутские и международные связи] [Участие в проектах и программах] [Проекты к сотрудничеству] [Избранные публикации]


Лаборатория


Руководитель Лаборатории:

    ШИШКИН Сергей Сергеевич, профессор, доктор биологических наук
    тел.: (495)-952-5886
    факс: (495)-954-2732
    e-mail:
    shishkin ЭТ inbi.ras.ru

вверх

Состав Лаборатории:
(e-mail сотрудников даны в разделе "Телефоны и электронные адреса сотрудников Института")

    КОВАЛЕВ Л.И., д.б.н., вед. н. сотр.
    Крахмалева И.Н. к.б.н., ст. науч. сотр.
    Ковалева М.А. к.б.н., ст. науч. сотр.
    Ерёмина Л.С. к.б.н., н.с.
    Лисицкая К.В. к.б.н. н.с.
    Иванов А.В. к.б.н., мл. науч. сотр.
    Герасимов Е.В., инженер


вверх

Области интересов:

         Изучение механизмов биохимического полиморфизма белков (полилокусность, полиаллелизм, постсинтетические модификации) и роли полиморфных изоформ в функционировании мышечных органов человека, как норме, так и при патологии.
         Системные исследования белков мышечных органов человека и некоторых других млекопитающих с использованием протеомной стратегии, имеющие целями: построение обобщенного компьютерного банка данных о мышечных белках; поиски и выявление новых мышечных белков; выявление белков - маркеров различных патологических процессов в мышечных органах.
         Создание коллекции культур клеток человека для использования их как клеточные модели при изучении биохимических механизмов клеточной дифференцировки и действия различных ростовых факторов, а также потенциальных лекарственных препаратов.


вверх

Основные достижения:

        С помощью протеомных и ДНК-технологий выявлены различные варианты биохимического полиморфизма белков, обусловленные как полилокусностью, так и единичными аминокислотными заменами (single amino acid substitution, SAAS), включая новый вариант триозофосфатизомеразы 1 (SAAS 233G→D), а также обнаружена ассоциация аллеля 1747C в гене ACTN3 со способностью к высокой мышечной работоспособности у элитных спортсменов, что может быть использовано при проведении профилизации молодых спортсменов.
        Показана множественность изоформ трансгелина и по результатам протеомного анализа белков трех органов человека, содержащих гладкомышечные волокна (миометрий, аорта и простата), определена органоспецифичность спектров трансгелинов, которые могут рассматриваться как потенциальные биомаркеры при патологии.
        Создан отечественный биоинформационный ресурс - база данных «Протеомика рака простаты», предназначенный для оптимизации поисков белковых биомаркеров, в котором имеется 9 отдельных модулей (по числу биообъектов) и 581 идентифицированных белков, в том числе 10 новых (так называемых «безымянных») белков человека.
        По результатам протеомных исследования биоматериалов и с использованием базы данных «Протеомика рака простаты» сформирована панель из 6 потенциальных белковых онкомаркеров для рака простаты; с помощью количественной денситометрии показана особая перспективность дальнейшего использования белка AGR2, а по результатам пилотного иммуноферментного исследования – белка Dj-1.
        Показано, что клеточные биотест-системы созданные с использованием активно пролиферирующих клеток человека позволяют определять биологические эффекты ростовых факторов и других БАВ, а также цитотоксические свойства потенциальных лекарственных препаратов.


вверх

Уникальные/редкие методы исследования (на базе собственного оборудования), имеющиеся в лаборатории:

        Имеется комплекс оборудования, позволяющего проводить серийно двумерный электрофоретический анализ белков и другие протеомные исследования. Создана материальная и методическая база для использования экспресс-методов изучения полиморфизмов в геномной ДНК человека на основе модификации RT-PCR.


вверх

Межинститутские и международные научные связи:

    Договорное сотрудничество с
    Институтом медико-биологических проблем РАН,
    Всероссийским научно-исследовательским институтом мясной промышленности им.В.М.Горбатова Россельхозакадемии
    РУДН
    Воронежским государственным университетом


вверх

Участие в проектах и программах:

    1. ФЦП «Научные и научно-педагогические кадры инновационной России» на 2009-2013 гг., ГК № 14.740.11.0762, 2010-2012 гг.
    «Исследование протеома рака простаты с использованием постгеномных технологий» 2010-2012 гг.;
    Руководитель – проф. С.С. Шишкин
    2. Программа прикладных научных исследований и проектов в интересах города Москвы на 2006-2008 годы. ГК №8/3-373н-08, 2008 г.
    «Поиск и изучение новых биомаркеров с использованием протеомных технологий»
    Руководитель – проф. С.С. Шишкин
    3. Программа прикладных научных исследований и проектов в интересах города Москвы на 2006-2008 годы. ГК 8/3-375н-08, 2008 г.
    «Разработка новых протеомно-биотехнологических подходов к молекулярной диагностике рака простаты».
    Соисполнители, руководитель – проф. В.О. Попов.
    4. НТП «Развитие науки и технологий в интересах города» Московского комитета по науке и технологиям», 2006 г.
    «Характеристика белков AGR2 и тимозина β-15 как потенциальных, новых маркеров рака простаты (РП). Построение двумерной белковой карты для представительной выборки образцов тканей с РП».
    Соруководители – проф. В.О. Попов и проф. С.С. Шишкин
    5. ФЦНТП "Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития науки и техники" на 2003-2006 гг.
    «Медико-биологические технологии повышения работоспособности человека в экстремальных условиях» 2005 г.
    Соисполнители, руководители – акад. В.И.Шумаков, проф. А.Г.Тоневицкий
    6. Госпрограмма «Медицинские и молекулярно-биологические технологии повышения работоспособности человека в условиях напряженных физических нагрузок».
    2003-2004 гг. – соисполнители по договорам. Руководители Программы – акад. А.И.Григорьев, проф. О.Л.Виноградова
    2003 г - Договор №14-04/03 «Фундаментальные исследования молекулярных механизмов рабочей гипертрофии мышц»;
    2004 г. - Договор №01-03/04 «Изучение генетического полиморфизма и поиск его корреляции со спортивными показателями в различных видах спорта» и
    Договор №02-03/04 «Изучение биологического эффекта белковых регуляторов мышечной гипертрофии и модификация их действия».
    7. Грант РФФИ № 03-04-49376, 2003-2005 г.г.
    «Изучение органо- и тканеспецифичности сарколемных и цитоскелетных белков мышц в онтогенезе». Руководитель – д.б.н. Л.И. Ковалев
    8. Грант РФФИ № 02-04-48879, 2002-2003 г.г.
    "Изучение дифференцировки культивируемых мышечных клеток человека; генетический контроль и роль средовых факторов". Руководитель - проф. С.С.Шишкин
    9. Грант в Государственном контракте 43.004.11.1516, 2002-2003 г.г.
    "Выявление молекулярных основ патогенеза социальнозначимых болезней человека и разработка принципов их ранней диагностики, лечения и профилактики". Руководитель - проф. С.С.Шишкин
    10. Федеральная целевая программа "Дети-инвалиды", 2002 г. – Договор №902-Д "Разработка компьютерной базы данных о семьях, отягощенных моногенными наследственными заболеваниями с психоневрологической симптоматикой". Руководитель работ по договору – проф. С.С. Шишкин


вверх

Избранные публикации:

    1. Шишкин С.С. Ковалев Л.И., Крахмалева И.Н., Ковалева М.А. Полиморфизм мышечных белков человека. Изд-во РУДН. 2011. 572с. (монография).
    2. Shishkin S.S., Kovalev L.I., Krakhmaleva I.N., Kovaleva M.A., Eremina L.S., Popov V.O. Biomedical aspects in investigations of biochemical polymorphism of actins and some actin-binding proteins. // In: «Molecular Polymorphism of Man: Structural and Functional Individual Multiformity of Biomacromolecules». Editors: Sergei D. Varfolomyev and Gennady E. Zaikov. Nova Publisher Hauppauge, NY. 11788-3619 USA. 2011. P.237-280 (глава в коллективной монографии).
    3. Shishkin S., Kovaleva M., Ivanov A., Eryomina L., Lisitskaya K., Toropugin I., Kovalev L., Okhritz V., Loran O. Comparative proteomic study of proteins in prostate cancer and benign hyperplasia cells. J. Cancer Sci. Ther. 2011. S1. http://dx.doi.org/10.4172/1948-5956.S1-003 (P.1-8)
    4. Лисицкая К.В., Еремина Л.С., Иванов А.В., Ковалева М.А., Охриц В.Е., Торопыгин И.Ю., Ковалев Л.И., Шишкин С.С. Изучение белка DJ-1 при раке простаты в образцах тканей, в культивируемых клетках и в сыворотке крови больных. Биомедицинская химия. 2011, т. 57, вып. 4. С.392-401.
    5. Шишкин С.С., Ковалев Л.И., Ковалева М.А., Крахмалева И.Н., Лисицкая К.В., Еремина Л.С., Иванов А.В., Герасимов Е.В., Садыхов Е.Г., Уласова Н.Ю., Соколова О.С., Торопыгин И.Ю., Попов В.О. База данных «Протеомика рака простаты». Acta naturae. 2010, т.2, №4, С.104-114.
    6. Шишкин С.С., Лисицкая К.В., Крахмалева И.Н. Биохимический полиморфизм белков системы гормона роста и его проявления в клетках предстательной железы человека. Успехи биол. химии. 2010. т.50. С.117-154.
    7. Ковалева М.А., Ковалев Л.И., Торопыгин И.Ю., Шигеев С.В., Иванов А.В., Шишкин С.С. Протеомный анализ белков скелетной мышцы (m.vastus lateralis) человека, идентификация 89 белковых продуктов генной экспрессии. Биохимия. 2009, т.74, №11, С.1524-1538.
    8. Макаров А.А., Ковалев Л.И., Ковалева М.А., Торопыгин И.Ю., Шишкин С.С. Изучение изменений белкового профиля в дифференцирующихся миобластах человека. Онтогенез. 2009. т.39. №2. С.112-119
    9. Ковалева М.А., Ковалев Л.И., Еремина Л.С., Макаров А.А., Буракова М.В.,Торопыгин И.Ю., Серебрякова М.В., Шишкин С.С., Арчаков А.И. Определение «аминокислотных конфликтов» и аминокислотных замен в первичных структурах 41 белка человека протеомными технологиями. Биомедицинская химия. 2008. Т.54. №4. с.420-434
    10. Еремина Л.С., Ковалев Л.И., Шишкин С.С., Торопыгин И.Ю., Буракова М.И., Ковалева М.А., Макаров А.А., Дзеранов Н.К., Казаченко А.В., Тотров К.И., Кононков И.В., Лоран О.Б. Биохимический полиморфизм трансгелинов в предстательной железе человека при гиперплазии и раке. Вопросы биологической, медицинской и фармацевтической химии. 2007, № 3, С.50 – 53.
    11. Ковалев Л.И., Ковалева М.А., Ковалев П.Л., Серебрякова М.В., Мошковский С.А., Шишкин С.С. Полиморфизм Δ3,5-Δ2,4-диеноил-коэнзим А изомеразы (белкового продукта гена ECH1) в поперечно-полосатой мышечной ткани человека. Биохимия. 2006. Т.71, № 4, С.554-560.
    12. Ковалев Л.И., Шишкин С.С., Хасигов П.З., Дзеранов Н.К., Казаченко А.В., Ковалева М.А., Торопыгин И.Ю., Мамыкина С.В. Идентификация белка AGR2 – нового потенциального маркера рака с использованием протеомных технологий. Прикладная биохимия и микробиология. 2006, т.42, № 4, с.480-484.
    13. Шишкин С.С. Миостатин и некоторые другие биохимические факторы, регулирующие рост мышечных тканей у человека и ряда высших позвоночных. Успехи биол. химии. 2004. т.44. С.209-262.
    14. Шишкин С.С., Ковалев Л.И., Ковалева М.А. Протеомные исследования мышечных белков человека и некоторых других позвоночных Биохимия. 2004, т.69, №11, С.1574-1589.
    15. Шишкин С.С., Крохина Т.Б., Ахунов В.С., Макаров А.А., Попов В.О. Влияние миостатина и некоторых других ростовых факторов на культивируемые клетки человека. Приклад. биохимия и микробиол. 2004. т.40, №6. С.630-633.
    16. Крахмалева И.Н., Шишкин С.С., Шаховская Н.И., Столярова Е.Б., Плугов А.Г., Князев А.И., Хоменков В.Г., Шевелев А.Б., Чернов Н.Н. ДНК-технологии, выявляющие SNP's, в решении некоторых вопросов прикладной биохимии Приклад. биохимия и микробиол. 2005. т.41, №3. С.303-307.
    17. Шишкин С.С., Шаховская Н.И., Скозобцева Л.Ф., Артемьева С.Б., Шаховский В.А., Таркш М.А., Тарасов В.И., Крохина Т.Б., Крахмалева И.Н., Ходунова А.А, Герасимова Н.Л., Митрофанова Н.А. Опыт организации клинических испытаний при разработках новых методов лечения первичных миопатий. Клиничские исследования лекарственных средств в России. 2003, №3-4, С.60-64.
    18. Шишкин С.С. От структурной геномики к функциональной: теоретические и прикладные аспекты. Вест. РАМН. 2002, №4, С.11-16.
    19. Терехов С.М., Крохина Т.Б., Шишкин С.С., Крахмалева И.Н., Захаров С.Ф., Ершова Е.С. Культивируемые миобласты человека, как стволовые клетки мышечной ткани, в медико-биологических исследованиях. Известия АН. Серия биологическая. 2001. №6. С.745-752.
    20. Шишкин С.С., Терехов С.М., Крохина Т.Б., Шаховская Н.И., Подобедова А.Н., Лянная Г.Ф., Тарасов В.И., Овчинников В.И., Крахмалева И.Н., Захаров С.Ф., Ершова Е.С., Лимборская С.А., Погода Т.В., Зотиков Е.А., Кутьина Р.М., Таркш М.А., Сухоруков В.С., Герасимова Н.Л. Экспрессия гена дистрофина у больных миодистрофией Дюшенна после трансплантации миобластов. Генетика. 2001. т.37, №8. С.1104-1111.

вверх



[Главная страница] - [Карта сайта] - [Поиск по сайту] - [Написать в ИНБИ]


email to INBI
Last review: 30, October, 2012.
© A.N.Bach Institute of Biochemistry of RAS, 2001-2012